2006年12月18日，杭州机场与“全球最佳机场”——香港国际机场，进行战略性的全面合资合作，学习借鉴国际先进机场的管理经验，由此成为中国内地首家整体对外合资的机场。

为增强发展后劲，提升综合服务保障能力，杭州机场于2006年启动了二期扩建工程。2007年11月8日，二期工程正式开工建设，以2020年为建设目标年，新建国际航站楼、第二国内航站楼和第二跑道，工程于2012年12月30日全部建成投运。

二期工程的建成启用后，大大改善了杭州机场的运营品质。今后，机场将开辟更多的国内外航线，为中外旅客提供更加安全、舒适、便捷的乘机服务，为公众出行提供更多的选择；将为杭州机场按照国务院《关于促进民航业发展的若干意见》，进一步加快打造区域性航空枢纽和现代化航空城的步伐，实现跨越式发展奠定坚实的基础；也将助推浙江产业经济的转型升级，为建设"物质富裕，精神富有"的现代化浙江注入强劲动力。